Игра вводит некоторые новые элементы. В отличие от всех остальных игр о Сонике, игрок управляет не одним персонажем, а целой командой из троих героев, каждый из которых обладает своими преимуществами. Игрок способен переключаться между персонажами и управлять одним из них, контроль за другими членами команды берет на себя компьютер. Также введена система «уровней» — у каждого персонажа три «уровня» (не считая начального). Чем выше «уровень», тем более мощной становится атака. «Уровни» можно получить из убитых врагов, или просто найдя контейнер.В верхнем правом углу экрана есть полоса, она набирается, когда команда совершает определённые действия. Когда полоска заполнится, команда сможет воспользоваться Командным взрывом — особой атакой, уникальной для каждой команды.